Theo Andrew Hampp của tạp chí Billboard, phiên bản đặt trước có doanh số rất khả quan sau khi được phát hành trên cửa hàng trực tiếp iTunes. Tại Hoa Kỳ, 3 trong số 6 bài hát của phiên bản đặt trước ra mắt trên bảng xếp hạng Billboard Dance/Electronic Songs vào ấn phẩm phát hành ngày 3 tháng 1 năm 2015—"Living for Love", "Bitch I'm Madonna", và "Unapologetic Bitch"—mặc dù những bài hát này chỉ có sẵn trong vòng 2 ngày.[1] Doanh số của 6 bài hát này đã đạt 146.000  lượt tải kĩ thuật số, theo Nielsen SoundScan.[2] Phiên bản đặt trước của album cũng bán được khoảng 50.000 đến 60.000 bản, theo các nhà phân tích ngành công nghiệp thu âm.[1] Rebel Heart ra mắt tại vị trí á quân bảng xếp hạng US Billboard 200 với doanh số đạt 121.000 bản tính đến hết ngày 15 tháng 3 năm 2015; sau album nhạc phim của sê-ri phim Empire.[3] Mặc dù doanh số bán lẻ đứng nhất tuần với 116.000 bản (chiếm 96% tổng doanh số), Rebel Heart vẫn phải đứng sau album nhạc phim khi doanh số chia sẻ nhạc chỉ đạt khoảng từ 1.000 đến 4.000 lượt. Đây album thứ 21 của Madonna lọt vào top 10 của bảng xếp hạng này, nhưng cũng là album phòng thu đầu tiên không ra mắt tại vị trí quán quân kể từ sau album Ray of Light (1998). Điều này có thể do chuyến lưu diễn Rebel Heart có lượng khán giả đặt vé + mua album giảm hơn so với album trước, MDNA đến 10.000 bản; dẫn đến việc tổng doanh số của album trong tuần đầu thụt giảm hơn so với các album trước.[4] Tại Canada, Rebel Heart ra mắt tại vị trí quán quân bảng xếp hạng Canadian Albums Chart doanh số đạt 18.000 bản trong tuần đầu phát hành.[5]

Còn ở Vương quốc Anh, công ty Official Charts Company báo cáo rằng Rebel Heart có doanh số vượt mặt các đối thủ khác với tỉ lệ 3:1 chỉ sau 24 giờ phát hành.[6] Tuy nhiên, In the Lonely Hour của Sam Smith vượt lên vào phút chót, và Rebel Heart ra mắt tại vị trí á quân bảng xếp hạng với doanh số chênh lệch với Sam Smith là 12.000 bản. Qua đó, Rebel Heart trở thành album đầu tiên của Madonna để lỡ vị trí quán quân kể từ sau khi album Bedtime Stories cũng ra mắt tại vị trí này vào năm 1994.[7][8] Album bán được 37.245 bản trong đó có 416 bản là từ các dịch vụ chia sẻ âm nhạc, trở thành album có doanh số trong tuần đầu phát hành thấp nhất của Madonna. Tuy nhiên, Madonna vẫn giữ vững ngôi vị nữ hoàng doanh số album trong tuần đầu phát hành, với tổng số 7,65 triệu bản.[9] Rebel Heart cũng ra mắt tại vị trí quán quân bảng xếp hạng German Albums Chart, trở thành album thứ 12 của cô đạt ngôi quán quân tại thị trường này.[10] Madonna đã vượt qua The Beatles và Robbie Williams để trở thành nghệ sĩ quốc tế có nhiều album quán quân nhất tại Đức, sánh ngang Herbert Grönemeyer với 12 album, chỉ sau Peter Maffay và James Last với 16 album và 13 album.[11] Tại Pháp, album cũng ra mắt tại vị trí quán quân bảng xếp hạng SNEP Albums với doanh số đạt 17.000 bản chỉ trong 3 ngày phát hành.[12][13] Rebel Heart cũng ra mắt tại vị trí này ở Áo, Croatia, Cộng Hòa Séc, Tây Ban Nha và Thụy Điển, cùng với việc lọt vào top 10 ở hầu hết các quốc gia châu Âu.[14][15][16]

Tại Úc, Rebel Heart đạt vị trí quán quân bảng xếp hạng ARIA Albums Chart, trở thành album thứ 11 của Madonna đạt ngôi quán quân trên thị trường này và đưa cô lên ngang tầm với U2 trong danh sách các nghệ sĩ có nhiều album quán quân nhất tính từ lúc ARIA thành lập năm 1983.[17][18] Album đã giúp cho Madonna có tuần thứ 19 tại vị trí quán quân bảng xếp hạng, đứng thứ 24 trong danh sách các nghệ sĩ có tổng số tuần trụ tại vị trí quán quân nhiều nhất.[19] Tại New Zealand, album ra mắt tại vị trí #7 trên bảng xếp hạng Official New Zealand Music Chart.[20] Tại Nhật Bản, Rebel Heart đạt vị trí #8 trên bảng xếp hạng Oricon Albums Chart với doanh số bán đĩa vật lý trong tuần đầu đạt 7,548 bản, trở thành album thứ 23 của Madonna lọt vào top 10 tại quốc gia này.[21] Album cũng đạt vị trí quán quân bảng xếp hạng Oricon International Albums Chart.[22] Ở Nam Hàn Quốc, Rebel Heart giúp cho Madonna ra mắt tại 2 vị trí liên tiếp trong top 10 của bảng xếp hạng Gaon International Albums Chart, với phiên bản cao cấp đạt ngôi quán quân và phiên bản chuẩn ra mắt tại vị trí #7.[23]